El Parque Nacional el Mirador - Río Azul comparte características con una zona amplia que se extiende hacia el este y sur, en la Zona de Uso Múltiple de la Reserva de la Biosfera Maya de Guatemala; hacia el norte, en la Reserva de la Biosfera Calakmul de México; y hacia el este, en el Parque Nacional Río Bravo de Belice. Los suelos son derivados de materiales calizos. Tomando como referencia la calsificación de Dinerstein et al (1995), según las características del relieve y de los suelos, en el parque nacional se presenta un tipo de ecoregión: bosque húmedo de Tehuantepec; y dos tipos de hábitat: bosque de tierras anegadizas y bosque tropical húmedo
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